1699年，外科医生格列佛随"羚羊号"出航南太平洋，不幸中途遇上海难，漂到了利立浦特（即小人国），被小人捆住。利立浦特人用专车把体行巨大的格列佛运到京城献给国王，他的出现几乎吸引了小人国所有的人。格列佛温顺的表现逐渐赢得了国王和人民对他的好感，他也渐渐熟悉了小人国的风俗习惯。当时，另一小人国不来夫斯古帝国准备从海上入侵利立浦特帝国，格列佛涉过海格列佛游记峡，把50艘最大的敌舰拖回利立浦特国的港口，立了大功。但是格列佛不愿灭掉不来夫斯古帝国，使国王很不高兴。这时，王后寝宫失火，格列佛情急生智，撒了一泡尿把火扑灭，谁知却让皇后大为恼火。于是，小人国君臣沆瀣一气准备除掉格列佛。格列佛听到风声，赶快逃到不来夫斯古帝国，后来平安回到英国。
格列佛回家不久，就随"冒险号"再次出海，不幸又遇上风暴，船被刮到布罗卜丁奈格(大人国)。格列佛被一位高达20米的农民捉住。农民带格列佛到全国各大城市展览，最后来到首都。这个农民发财心切，每天要格列佛表演10场，把他累得奄奄一息。当这个农民眼看无利可图时，便把格列佛卖给了皇后。由于小巧伶俐，格列佛在宫廷中非常得宠，但是也常常遭到老鼠，小鸟等动物的侵袭。面对国王，格列佛沾沾自喜地介绍了英国各方面的情况及近百年来的历史，但被国王一一否定。格列佛在该国的第三年，陪同国王巡视边疆。由于思乡心切，他假装生病，来到海边呼吸新鲜空气。天空中的鹰错把他住的箱子当成乌龟叼了起来。几只鹰在空中争夺，箱子掉进海里，被路过的一艘船发现，格列佛获救后，乘船回到英国。
在家呆了一段时间，格列佛又随"好望号"出海。这一次，格列佛所乘的船遭贼船劫持，格列佛侥幸逃脱，被一座叫"勒皮他"的飞岛救起。这些人的相貌异常，衣饰古怪，整天沉思默想。国王和贵族都住在飞岛上，老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上。格列佛离开飞岛后，来到巴尔尼巴比进行访问，并参观了岛上的"拉格多科学院"。这所科学院研究的全部是些荒诞不经的课题，结果造成全国遍地荒凉，房屋坍塌，人民无衣无食。
接着，格列佛来到巫人岛。岛上的总督精通魔法，能随意召唤任何鬼魂，格列佛因此会见了古代的许多名人，结果发现史书上的记载很多不符合史实，甚至是非颠倒。然后，格列佛又游览了拉格耐格王国，见到一种长生不老人"斯特鲁布鲁格"。离开该国后，格列佛来到日本，然后乘船回到英国。
格列佛回家后五个月，受聘为"冒险号"船长，再次乘船出海。途中水手叛变，把他*了几个月，然后被放逐到"慧骃国"。在这里，格列佛遭到一种形状像人的名为"野猢"的畜生的围攻。幸亏一匹具有智慧的马——"慧骃"来给他解了围。原来马是该国有理性的居民和统治者，而"野猢"则是马所豢养和役使的畜生。格列佛的举止言谈在"慧骃"国的马民看来是一只有理性的"野猢"，因此引起了他们的兴趣。格列佛很快学会了该国语言，应主人的邀请，他谈到在世界其他地方马是畜生，而像他那样的"野猢"则具有理性，并且是马的主人。这使"慧骃"感到很震惊。在"慧骃"各种美德的感化下，格列佛一心想留在"慧骃国“。然而"慧骃国”全国代表大会通过决议要消灭那里的野猢所以格列佛的愿望无法实现。无奈之下，格列佛只好乘小船离开该国打道回府。格列佛怀着对"慧骃国"的向往，一辈子与马为友。
