自功夫熊猫打败了越狱出来报仇的大魔头雪豹之后，他获得了和平谷全部居民的推崇，当上了首领。他没有忘记白兔大师的预言：还会有更强的外来敌人来侵犯的。他带领全城的居民在城的外围建造了一座护城河和防御的城堡，四周还布置了许多信鸽，只要有人来侵犯，信鸽就会把消息很快地传送回来。他还在城里布置了很多地洞，每家每户的地洞都是相通的，里面还有仓库和水井等生活必须用品，这样做是为了不让老百姓受到威胁的时候无处可藏。
功夫熊猫还封他的五大高手师兄弟虎、蛇、鹤、猴和螳螂为大将，他们日夜苦练，提高武艺。
他带领全城百姓过起了太平的生活，同时他不忘招兵买马，以培训一批强兵。后来，有很多小熊猫幕名而来报名，原来他们出于崇拜功夫熊猫，梦想自己也能成为功夫高手。
功夫熊猫把报名的小熊猫召集起来，一试高下后发现，这些小熊猫连一点基础的武术水平也达不到。功夫熊猫模仿起白兔大师的做法，他准备了很多香喷喷的包子，准备开始教小熊猫们练功夫了。但他发现，包子对小熊猫一点吸引力都没有，因为小熊猫从小到大每天都有丰盛的食物，对包子一点都不稀罕。后来，他听他爸爸说，有馅的包子会更受欢迎，于是他就做了有肉馅的包子，可是也没有吸引力。无计可施之下功夫熊猫只好去请教白兔大师，没想到的是，白兔大师说：“包子已经没有任何用处了，你要取得成功，只能放弃包子。”功夫熊猫百思不得其解，后来，他找到了方法，就是要让熊猫快乐地学武术。
功夫熊猫找来了城中当时最流行的爱竹笋游戏机，把它改造成了有武术招数的游戏。小熊猫们个个都被游戏深深地吸引住了，他们爱不释手！可是，每个熊猫在玩游戏中，个个都过不了关，原来，他们根本不会武术的话，是过不了关的。这时，功夫熊猫出来了，他告诉小熊猫们，你们要过关，首先要把武术练过关，之后，你们才会有过关的本事。就这样，为了过关，小熊猫们勤学苦练，对每一招一式，都紧记在心，生怕自己忘了影响他们游戏过关。就这样，他们的游戏一级级地升级了，武术也日益精通了，到最后，他们每人都练成了一身好武艺！
这一天，功夫熊猫正在与白兔大师聊天的时候，一只小熊猫来报信，说信鸽接到了一封战书，功夫熊猫打开一看，他知道这一天终于到来了，因为雪豹的爸爸阿豹带领着五百只花豹来报仇了，他自称要一个不留地将和平谷里的居民斩尽杀绝。功夫熊猫马上下令，让城里的居民迅速躲进了地洞，幸好他们早有准备，地洞里食物足以让居民一个月不用出来。
阿豹带着五百只花豹在一群大鸟的帮助下，很快就渡过了河并闯进了城里。当他们看到空荡荡的街区，一个人都找不到的时候，他们十分奇怪，难道当年只有功夫熊猫活了下来？然后他很开心，哈哈大笑，只有一个熊猫，料你是斗不过我的天罗地网的！于是，他挑选了城中一块空地，让花豹们在这里驻扎了下来，等待功夫熊猫的到来。
夜幕降临了，功夫熊猫指挥着小熊猫，抬出了一坛坛装满了酒的酒坛子，悄悄地放在了阿豹和花豹们的营地旁边。天亮了，花豹们一起床就闻到了扑鼻而来的酒香味，于是纷纷四处寻找。他们把找到的酒坛子捧回住的地方，迫不及待打开盖子一饮而尽。当阿豹发现并想制止的时候，已经太晚了，花豹们个个都开始有了醉意。
这时，他们眼前出现了一群滚动而来的黑白相间的“足球”，原来是小熊猫们来迎战了。他们很快就制服了醉熏熏的花豹们，而阿豹则忙于应付五大武林高手虎、蛇、鹤、猴和螳螂的进攻。阿豹不愧是大魔头的爸爸，他不慌不忙地接招，五大高手把自己的独门绝招都使尽了，也被阿豹一一化解了。阿豹马上使出招数进攻，才出一招就把五大高手打倒在地了。阿豹威胁五大高手说：“快告诉我那只笨熊在哪里！不然我就杀了你们！”小熊猫们全部围了上来，一起进攻阿豹，不过，当然不是阿豹的对手，他们都被打散了。功夫熊猫到底去哪里了呢？为什么还不出现？
原来，功夫熊猫在爬山，等他爬到最高峰的时候，他大喝一声：“我在这里！”阿豹听到声音，抬头看去，发现他等待已久的仇人出现在山峰上。他急忙狂奔上去。在阿豹奔跑的过程中，功夫熊猫得到了宝贵的喘息时机。等气喘吁吁的阿豹跑上来，他们俩立刻就开始激战了起来。从体力上讲，功夫熊猫占了上峰，但他们还是打得难分难解，不分上下。这时，捧着爱竹笋游戏机的小熊猫们也赶到了，他们把游戏机调到功夫示范频道上，一起在阿豹面前晃来晃去，阿豹从来没见过这新鲜的玩意，他一时分不清真假对手，因为游戏机里也有一个熊猫在出招。功夫熊猫在他迷惑的时候，找准时机，对他进行了新一轮的攻击，并且击中了他的要害。阿豹终于被打败了！
白兔大师带领着和平谷里的居民吹呼了起来，功夫熊猫永远忘不了这一天。和平谷又恢复了往日的和平。
