故事的背景发生在20世纪60年代末，*内蒙古最后一块靠近边境的原始草原。这里的蒙古牧民还保留着游牧民族的生态特点，他们*而浪漫地在草原上放养着牛、羊，与成群的强悍的草原狼共同维护着草原的生态平衡。他们憎恨着狼――狼是侵犯他们家园的敌人；他们同时也敬畏着狼――草原狼帮助蒙古牧民猎杀着草原上不能够过多承载的食草动物：黄羊、兔子和大大小小的草原鼠。他们同时也深深地崇敬着狼――草原狼是蒙古民族的原始图腾。狼的凶悍、残忍、智慧和团队精神，狼的军事才能和组织分工，曾经是13世纪蒙古军队征战欧亚的天然教官和进化的发动机。
正是蒙古民族的历史和神秘，草原的广阔和浪漫，将本书的主人公、一个叫陈阵的北京青年带进了草原。很快，陈阵发现草原并不全是浪漫和*。牧民们为了保护自己的财产必须和狼进行战斗。他亲眼目睹蒙古的女人和小孩与偷袭羊群的狼――象豹子一样大的狼――徒手搏斗。也曾误入狼群、并亲眼看见群狼怎样在头狼的指挥下，调兵遣将围猎几百只黄羊。但是，人却抢了狼储存的食物。为了报复人的贪婪，狼利用冬季风雪和夏季蚊灾的掩护，发动了两次大规模的偷袭军马群的残酷而壮烈的战役。于是人又被激怒了。来自于农耕民族的*不顾蒙古牧民的反对，开始了大规模的围猎狼群的战斗。狼在死亡前的尊严和牺牲精神震撼了陈阵。陈和他的朋友亲自掏了一窝小狼，并且养了其中的一只。他要通过一只小狼的成长，探索狼的习性和狼的哲学。通过一系列的令人陶醉的有趣的故事，陈发现狼是动物中唯一不可驯服的、十分神秘的动物。比如，第一次面对食物或者面对大批食物的时候，会举行跑圈，类似现代宗教的感恩仪式或者祭祀；比如，狼一旦离开大地就会颤抖无力，又像希腊神话中的安泰。进而，陈又发现蒙古民族不仅将狼作为自己民族的图腾崇拜的对象，而且，死后又将自己的尸体放到狼出没的地方，实施“天葬”。蒙古牧民相信狼会将他们的灵魂带上“腾格里”（蒙语：天）。狼是蒙古人敬畏的敌人，也是他们相伴一生、甚至是来生的朋友。正是蒙古人带着狼的精神征服了差不多半个地球，开通了东西方商业贸易与文化的交流。
陈和他的来自于北京的青年朋友，因为狼的缘故和牧民融为一片。但是，他们无法阻挡来自于农耕文化和*时期的错误政策对草原生态的破坏。他们首先用现代武器杀狼，将仅存的狼驱赶到边*。进而，大片的开垦草原土地。几年以后，草原上鼠害横行，大片的草原沙化。在作品的最后，也就小说的尾声，来自于蒙古草原的沙尘暴已经遮天避日地肆虐北京，浮沉甚至飘过大海，在日本和韩国的天空游荡……
人类失去的不仅是草原不仅是狼，我们真正失去的是人与自然和谐共存的价值观；我们失去的是中华民族早期的图腾：*、独立、顽强、勇敢的精神、永不屈服、决不投降的性格、意志和尊严。这是《狼图腾》的主题和作家悲怆的呼唤。
