在广阔的宇宙中，有一颗很小很小的星球，星球上只有红的、绿的、灰的等各色不同的细菌，它们每天为了资源而打仗。终于有一天，这颗细菌星球上的资源被消耗完了，细菌们赖以生存的环境即将变成真空，如何生存下去成为了细菌们首要面对的问题。经过连日讨论，星球上的细菌们决定派出不同小分队去寻找新的适合生存的“家园”。
其中，由新型冠状病毒带领的变异细菌小分队，经过精挑细选，选中了宇宙中最漂亮的蓝色星球——地球，这里资源类型丰富，几乎适合细菌星球上的各个种族生存。于是，变异细菌小分队当机立断，由队长新型冠状病毒带领，对地球展开突袭。
它们利用少数人类喜欢品尝野味的特性，通过入侵蝙蝠等野生动物，在其体内大量繁殖，以扩散链军团作战的方式，给了人类致命一击。仅仅5个多月，地球上就有成千上万的人被感染。同时，新型冠状病毒离开人体5天以上还可以存活，还有更多的人类在不断被感染。而随着变异细菌小分队的不断胜利，越来越多的细菌大军也开始从细菌星球转战到了地球。
地球上空灰蒙蒙一片，不见天日，地球上的生灵们身乏体弱，惨不忍睹，每天都在和死亡做斗争。甚至原本风光无限的大自然也开始变得憔悴，花草树木不再鲜活，山川河流污染严重。
面对这种情况，地球上的科学家们聚集在一起，呕心沥血研发出了5把灭菌枪，想要一举消灭细菌大军。但是这5把灭菌枪需要在珠穆朗玛峰、百慕大三角、南极“无雪干谷”、埃及金字塔以及美国五角大楼的最高点同时发射才能取得成效。可是面临地球上无处不在的细菌军团，如何抵达这五大位置，如何同时发射成为了全人类的难点。
在这个生死存亡的关键时刻，由孙悟空、哪吒、超人、绿巨人、美国队长、蜘蛛侠、钢铁侠、雷神、X教授、火星猎人、蚁人、奇迹先生、琦玉老师等全球超级英雄组成的超人联盟站了出来，自发分成五组，分别带着灭菌枪向着“五星灭菌点”进发。一路上他们险阻不断：孙悟空的金箍棒不停舞动，毫毛差点被拔光；钢铁侠的战衣几乎衣不遮体；超人的斗篷由飞行变成了滑翔；雷神斧子劈了刃，召唤的雷电由水桶粗变成了头发丝细……
最终，通过大家的齐心协力，共同拼搏，超人联盟带着五把灭菌枪准时准点到达了“五星灭菌点”，同时向天空发射出了灭菌弹。霎时间，灰蒙蒙的天空如冬雪遇见阳光，迅速消散，久违的新鲜空气重新带来勃勃生机，数不尽的细菌大军在阳光的照射下失去活力，整个地球“活”了过来。
我们终于打赢了这场仗，人类终于又可以快乐、幸福的生活在这美丽的蓝色星球上。
