小魔女出生在一间实验室里，她从出生的那一天起就非常想探索大自然的奥秘，于是趁科学家不再的时候，偷偷调配了药水，可是刚刚配好，药水就爆炸了。当她迷迷糊糊地睁开眼睛，发现自己在一个由花儿组成的王国里。
一朵牡丹花问她：“你好啊，你叫什么名字？”“哦。你可以叫我小魔女。”“太好了，你会发明吗？”“会，当然会。”牡丹花高兴地拍起手来“我们的国家有救了，快点去王宫！”就这样，小魔女稀里糊涂地被请进了王宫。
国王是一朵黑玫瑰，国王向她解释：“这个国家被上了一个咒语，花之王国明天会被卷入海底，随之会灭亡，只有机智聪明的发明家才能拯救这个国家。”国王继续说“听说给这个国家施咒语的是一个女巫，天不怕地不怕，她有九千九百九十万个小兵，并且有非凡的魔力，没人敢接近她。”国王问小魔女：“你愿意帮我处置这个女巫吗？“当然愿意，教给我吧。”国王高兴地送她走了。
小魔女经历了千辛万苦终于来到女巫住的山洞。小魔女故意在外面大喊大叫，女巫气冲冲地跑过来跟她迎战，虽然女巫的每一道超强的紫外射线拥有可以晒死人的魔力，但每一次小魔女都灵巧的躲开了她。小魔女在山洞口放好了弓，趁着女巫去收集恶毒仙草的地方放上了箭，并且弄了一个弹弓，不远处在毒草林放了一个绳子，又在树上吊了一个网，然后自己装作受伤，躲到了山洞后面。女巫第二天去采仙草的时候，不小心踩到了绳子，绳子巨大的弹力让箭飞到了弓那边，弓又把箭射向了女巫。女巫惊慌的向远处逃，却遇到了小魔女做得老虎机器人，老虎机器人对她紧追不舍，她没有看清前面的路，撞到了网子里。小魔女笑呵呵地走了过来。女巫这才明白上当，非常生气，想把小魔女的魔法收到了自己体内，设法逃出网子。被没收魔法的小魔女生气极了，她猛然拿起一朵被她珍藏已久的玫瑰花，向女巫扔去，一边扔一边喊：“让你尝尝鲜花的力量！”这时候，听见女巫一声尖叫，她在鲜花的光芒中消失了，诅咒也解除了，九千九百九十万个小兵也各奔东西了。
小魔女高高兴兴地返回了花之王国，国王重重地奖赏了她。
