约翰·克利斯朵夫生于德国莱茵河畔的一座小城里。这个城市很美，红色的屋顶、浓郁的花园，散布在柔和的山岗下，倒映在灰绿色的莱茵河里。约翰的祖父米希尔和父亲曼希沃都是宫廷的音乐师。母亲鲁伊莎替人家当厨娘。祖父对父亲娶了一个女仆做妻子一直不高兴。他认为“既不门当户对，也不是音乐界的人”，而“一百多年来姓克拉夫脱的就没娶一个不懂音乐的媳妇”。
约翰长得丑，小时也很淘气。但他有强健的体格，倔强的个性。一位富家太太赠送了几件衣服给约翰穿，被富家的孩子认出，他受到讥笑，约翰便打了富家的孩子一顿。结果，约翰被母亲拉到那个太太面前赔不是，他感到十分地懊恼。
祖父常常带约翰去散步，讲历史上伟大的人物，如雷果卢斯、阿米奴斯、律左、科纳等，并经常提到那征服过欧洲的拿破仑。约翰的父亲曼希沃是个酒鬼，经常喝得醉醺醺的回家。但他发现自己的儿子是个音乐天才，便带他去参加音乐会，亲自教他功课。约翰爱幻想，爱大自然，有着丰富的联想。他在风雨、阳光、河流中，都能体味出音乐的美。可是父亲却用老一套的教育方法和呆板的练习曲折磨他，使约翰“骄傲与*双方面都受到侮辱与损害”。他在练习音乐时，故意和爸爸刁难，结果他受到重重的责打。祖父对他说：“为着人类最美最崇高的艺术，为着抚慰人类造成人类光荣的艺术而吃些苦是值得的。”
一次，祖父带他上戏院看歌剧演出，约翰很受感动。在回家的路上，祖父告诉他音乐是超凡的艺术，他说：“你瞧，音乐家职业何等美妙！还有什么会比创造这些神奇的景色更光荣？这无异做了尘世的上帝。”祖父的话给了他深刻的印象。不久，歌剧的作者法朗梭阿·玛丽·哈斯莱来到这座小城，他将亲自主持他的剧本演出，并担任乐队指挥。约翰目睹了哈斯莱如何被*的群众包围，受到热烈欢迎的场面。演出后，约翰还受到哈斯莱的接见。于是他想自己将来要做个象哈斯莱那样受欢迎的音乐家，“制作如哈斯莱一样的作品，成为一个大人物”。
约翰醉心于创作。祖父把他在钢琴上弹出的曲调，整理编成《童年的娱乐：歌、默奴哀、华尔兹进行曲》，并署上“约翰·克利斯朵夫全集卷一”的字样。这使约翰得意非凡，他在内心喊着“我是一个作曲家、一个伟大的作曲家”了。祖父以做名人和出名来引诱他。这时约翰才六岁。
但约翰从舅舅那里，则接受了另一种教育。他舅舅名叫高脱弗烈特，是个流浪小贩，常出没于大自然和乡间。祖父和父亲都瞧不起他。但他是个*独立的人，他懂得很多古老的谣曲，并能在大自然中体验出音乐的美，歌唱得十分动人。他告诉小约翰说，唱歌是心的声音，“一个人需要唱、应当唱的时候才唱，不应为了娱乐而唱。”他要外甥不要去编什么新的歌，不要去做大人物。他说：“何用你唱歌呢……难道它们（指大自然）不比你所能作的一切唱得更好吗？”约翰把自己作的曲子唱给舅舅听，舅舅说：“这多难听！”并指出约翰是“为写作而写作的，你为要做一个大人物，为要叫人佩服才写的”，这样的东西是不能打动人的。他还说：“你在屋内所写的一切全不是音乐，屋内的音乐等于屋内的太阳。音乐是外面的。”舅舅和祖父、父亲的文艺观根本不同：舅舅是为生活而艺术，祖父、父亲是为艺术而艺术。
祖父把约翰作的《童年的乐趣》题献给雷沃博大公爵，并特地为约翰组织了一次音乐演奏会，大公爵也亲自出席了。约翰演奏得很成功。公爵称他为“再世的莫扎特”，并送给他一块金表。而约翰却向公爵小姐透露：乐曲中最优美的一节《脱利奥》是祖父的作品，冒充为他的。
约翰满十一岁了，他向圣马丁寺的琴手弗洛李昂·霍才学“和声学”。这一年，他被公爵任命为“宫廷音乐联合会”的第二提琴手，仅次于他的父亲。祖父和父亲都为他感到高兴。但他看到人们把他看作是大公爵豢养的珍禽异兽时，感到羞愧。一次，他向瞧不起音乐的丹奥陶伯伯（商人）吐唾沫，父母亲不敢得罪这有钱的亲戚，命令约翰跪下赔礼，他更加感到气恼。他羡慕舅舅过着独立*的生活，对谁也不巴结。
不久，祖父中风死了，约翰很伤心，对天伸着小拳头，诅咒上帝夺去了他的爷爷。父亲仍常喝酒，宫廷演出时他老迟到。约翰便被提升为第一提琴手。接着父亲被爵府辞退了。这样一来，约翰在十四岁上便担负起抚养父母兄弟的担子（他有两个弟弟）。
约翰被乐队的指挥多皮阿·帕弗邀请到乡间去野餐。在船上他结识了一个金发少年、富商的儿子奥多·狄哀纳。他们很谈得来，约翰向他表白了自己独立*的性格，他说：“我有一双好手，一颗好脑袋，永远会挣得我的面包。”他蔑视金钱，藐视一切篱垣以及“禁止通行”、“惩罚不贷”等限制人们*，保卫神圣产业的告示。这次结识之后，约翰对奥多的亲热，发展到产生变态自私心理的地步，只要奥多和别的朋友接近，他便嫉妒得要命，声称他失去了奥多，他将自杀，也杀死奥多。直到奥多升大学了，他们的友谊才逐渐疏远起来。
参议官克里赫新寡的夫人和女儿迁居到她出生的城市来了。她和约翰是邻居。这位夫人听了约翰在音乐会上的演奏，便邀请他参加她家的茶会。她喜欢约翰那“正直、勇敢，还有那坚毅耐苦的精神”和他那“笨拙、丑陋”的外貌。她聘请约翰为自己的十五岁的女儿弥娜上钢琴课。约翰答应了。不久，他便爱上了这位小姑娘，并以“将来要做一个大艺术家”向她许愿。但她的母亲不同意这门亲事，她直白地告诉约翰说，以他的出身、门第和财产都没有资格娶她的女儿。弥娜听从了母亲的意旨，对约翰开始疏远起来。约翰很气愤，他写信给夫人说：“一切自命高贵而没有高贵心灵的人，我鄙薄她，当她如一块污泥。”
约翰父亲因酒醉掉到沟里淹死了。失恋、丧父，使约翰产生了这样的认识：“他看到人生是一场没有休息，没有侥幸的战斗，凡是要成为无愧于‘人’这名称的人，都得时时刻刻向着无形的敌人抗战：天性中致人死命的威力，蛊惑人心的欲望，暧晦幽密的思想，那些使你堕落、使你毁灭自己的念头都是这一类的顽敌。”他听见了自己的“上帝”在呼喊：前进吧，前进吧！永远不要歇息！这时他才十五岁。
约翰和母亲搬到祖父的朋友于莱家居住。他的大弟弟洛陶大进了丹奥陶伯伯商店工作，二弟恩斯德到航船上去做事。老于莱和自己的女儿女婿住在一起。他外孙女洛莎是个十五岁的姑娘，生得不美，但她挺能干活，而且热烈地崇拜约翰。老于莱想把外孙女许配给他。约翰却爱上了开小杂货铺的年青寡妇萨皮纳。
萨皮纳是个慵懒的、苍白的、病弱的女人。她连自己的小店铺也懒得经营，把顾客都打发走了。约翰则认为她是个*的人，不受任何约束。萨皮纳也爱约翰。他们一同到乡下萨皮纳的哥哥家过了一晚。这事被老于莱一家知道了，认为约翰道德败坏，对他怀有敌意。约翰被人邀请到科仑和杜赛道夫两地演奏。回来时，萨皮纳患流感死了。洛莎第一个把这消息告诉他。约翰感到世界构造得很不好：“爱人的不被爱，被爱的不爱人，爱而被爱的又迟早有分离的一天。”约翰开始放纵了。他勾搭上了帽子店的女职员阿达，和她在乡间小客店住了一晚。这事被宣扬出去，闹得满城风雨。约翰受到来自各方面的指责，连爵府也没放过他。老于莱一家更是气愤。从此，洛莎对他也死了心。阿达是个水性杨花的女人，她和约翰好了一阵子，不久，又和约翰的弟弟恩斯德好上了，把约翰抛弃了。约翰感到苦恼，他对舅舅高脱弗烈特说，他有过志向，也奋斗过，但一点也不中用，蹉跎了人生。舅舅告诉他说：“人是不能为所欲为的，志向与生活是两件事情，应该自寻安慰，主要是勿灰心，继续抱着你的志向，继续生活下去，其余的便不由我们作主了。”
约翰对德国的音乐作了改革的尝试。他憎恨无热情的作品，认为人生一切的欢乐只是创造的欢乐：爱情、天才、行动--都是独一无二的火焰喷射出来的花朵。他对过去崇拜的音乐大师重新进行评价。人们都说他是“标新立异”。大公爵也对他说：“听您的说话，先生，有时竟让人疑心您不是德国人。”约翰指挥自己的音乐新作演出，大公爵未到场，演出遭到了失败。但约翰认为：“不管人家愿不愿意”，决心要把“德国人的风味彻底洗涤一下。”
一个法国喜剧团路过约翰居住的小城市。约翰认识了其中一个女伶奥弗丽。她告诉他巴黎是个*的城市，“没有什么党派来左右人家的名誉和成败”，“不压抑无名的天才”等，使得约翰产生对巴黎的向往。一位法国家庭女教师安多阿纳德很想看一次本国喜剧团的表演，因买不到票，约翰便将自己的戏票送给她去看。之后，安多阿纳德竟被东家当作是约翰的情妇，被辞退了，这事使约翰很难过。
约翰创作的歌剧《依斐日尼》，在本城举行公演，但音乐不投合观众的口味，演出又一次遭到失败。接着，约翰便从事音乐批评工作，对时行的音乐进行猛烈的抨击。大公爵便当面警告他，不要作一个*的音乐家，还禁止他在攻击公爵的报纸上写文章。约翰反驳说：“我不是您的奴隶，我爱说什么就说什么。”结果公爵把他撵出宫廷乐队。约翰失去了靠山，生活也难以维持了。
不久，他舅舅也死了。约翰感到空虚和孤独。
一次，在一个乡村节日的舞会上。约翰看到一个军官在打一个不愿和他跳舞的姑娘，他挺身而出，打抱不平。结果引起一场斗殴。村民和士兵冲突起来，约翰在混战中，打死了一个下士，立即受到追捕。他来不及回城和母亲告别，便搭火车逃离德国，到法国去了。
约翰来到巴黎，举目无亲。他去找过去相识的朋友狄哀纳和高恩帮忙，却遭到冷遇。出版商高恩对他说：“法国是女性的……假使您想成功，也得利用这一点。”约翰走投无门，只好为一家肉店老板的女儿教授钢琴课。巴黎给他的印象是“一个混乱的社会，被专制蛮横的官僚政治统治着”，真正爱好音乐的人太少了；剧场庸俗呆板，充满旧的、形式主义的东西，而文坛则“充满女性和女性化的男人”，“精神卖淫的风气似乎到处弥漫着。”这里有数不清的出卖娱乐的商人，其中有旧式国粹派，也有现代式的巴黎化的犹太人。由于出版商高恩的介绍，约翰进入巴黎交际场中，亲自看到了女人在巴黎社会中占有最高的地位，“男子制造作品，女人制造男子”。高恩还领他到戏剧院去，约翰在那里看到“凶杀、强奸、疯狂、酷刑、挖眼、破肚：凡是足以震动一下文明的人的神经，满足一下他们隐蔽的兽性的景象，无不具备”。高恩自称是个艺术家，他主张为艺术而艺术。约翰毫不客气地对他说：“你们都是伪善之徒”，你们“用‘艺术’和‘美’的名词来遮饰你们民族的荒淫。为艺术而艺术！……呵！多“庄严”的信仰！”
约翰在教课中认识了一个青年女学生高兰德·史丹芬，她是汽车制造商的女儿，和她一同学钢琴的还有她的表妹意大利人葛拉齐亚。她们都崇拜自己的老师。尤其是葛拉齐亚十分尊敬约翰。但不久，她被父亲接回意大利去了。
巴黎音乐界感到约翰是个艺术巨人。但他们尽量破坏他写的作品，免得他出名。他们信奉一句箴言：“我的杯子不大；……但我……在别人的杯子里喝。”
约翰写了剧本《大卫》，被社会党*亚希·罗孙看中，他要拉其情妇担任剧中主角。经试演，这个女人的声音恶俗不堪。约翰坚决要把她撤换，结果和罗孙闹翻；约翰在一气之下，撤回了自己的作品。
在一次夜会上，约翰认识了一个新朋友奥维德·耶南。他是个破产的银行家的儿子。其姊姊安多阿纳德，就是约翰在德国时送戏票给她而被解雇的女教师。奥维德生性温婉，姐弟皆爱好音乐。他一直由姊姊照顾着，安多阿纳德以当家庭教师的收入来维持弟弟的上学和生活。她在德国被辞退后，回到巴黎，不久前患肺炎死了。约翰为此感到很伤心。他和奥维德的感情更加亲近了。后来，他们搬住在一个寓所里，以当家庭教师的收入来维持生活。奥维德“有精明头脑，病弱身体”，约翰则“有着坚强的力量，扰攘不安的灵魂。一个是盲人，一个是瘫子”。奥维德醉心于宗教，“热诚祝望建立一个基督教*”。约翰则认为奥维德只是个理想主义者，他对奥维德说；“你们沉溺*，忘记了人生。”
这对朋友感情上很融洽，但他们的气质完全各别。一个浪漫派，一个现实派，一个善于幻想，一个要求行动。约翰主张法国人应“团结起来打扫房子”，不能让少数坏蛋把人们踏在脚下，不要等拿破仑再世，才去改造世界。而奥维德则说：“暴力是我所厌恶的”，“我们的国家可不能为仇恨而建设”。他相信法国“潜在的德性，光明与理想主义的力量”，并极力反对共产主义和工人革命。他“梦想建立一个友善的欧罗巴，集中全部努力来造一个更公平更近人情的世界”。
这时期，约翰认识了一个工程师的女儿雅葛丽纳·朗依哀。约翰很爱她，但他看到自己的朋友奥维德也在爱她，便主动退出，让他们结合。不久，奥维德和雅葛丽纳结婚了，并到意大利作蜜月旅行。约翰失去唯一的朋友，感到很孤独。但他仍孜孜不倦地在进行音乐创作。这时他的艺术思想起了变化，“变得更宽广更富于人间性。他不希望音乐只成为自己的独白，自己的言语，更不希望一种只适用于内行的复杂艰深的结构。他要音乐成为和人类沟通的桥梁。唯有和别人密切相连的艺术才是有生命的艺术。”约翰曾写信给俄国作家托尔斯泰，请求他把他的“歌”集寄给他，但没有得到回信。正如歌德不理修倍尔脱与斐里奥士把杰作寄给他一样。
奥维德旅行归来，当了一名中学教师，仍然和约翰搬住在一起。新婚妻子不满意奥维德的冷静，她喜欢约翰的热烈。她想把两人都抓到手里。约翰为了忠于朋友，只好搬开。出版商哀区脱收买了约翰的作品，并把它篡改出版，这使约翰很生气，他买回了自己全部的作品，因为他不愿意出卖自己的思想。
在一次奥国大使馆举行的晚会上，约翰遇见了过去的学生葛拉齐亚，她已经出嫁了，丈夫是奥国大使馆的青年随员，一位贵族世家的子弟。葛拉齐亚在巴黎已成为一个引人注目的少妇。当时巴黎报纸正要诋毁约翰，靠葛拉齐亚在暗中协调，挽救了他的名誉。同时，她还设法使报纸刊登恭维约翰的文章。另外，她正在发动一次运动，让德皇赦免约翰先前的杀人罪，把他当作天才的艺术家加以特别宽容。约翰对自己的学生十分感激，甚至疯狂地爱上她，但她只给他一种恬静的友谊。
雅葛丽纳生了个男孩。过不久，她爱上了一个风月场中的老手--巴黎的一位作家，丢下儿子和他一同私奔了。奥维德为此受了很大打击，情绪消极，他感到痛苦在社会上触目皆是，社会简直是一所医院，世上“最惨的还不是贫穷与疾病，而是人与人之间的残忍”。他除教养儿子外，开始做慈善事业。约翰则不相信将来会有公平合理的社会。他只“相信人生的情绪和艺术的情绪是真实的”。这时，他受到平民的吸引，想创作一些大众化的艺术，甚至他和工人接近起来。但他反对*，而愿意站在蒲鲁东工团主义的一边。在艺术与政治的关系上，他认为“不能拿艺术去替一个党派服务”，“艺术家好比一支罗盘针，外边尽管是狂风暴雨，它始终指着北斗星”。同时，他认为“艺术品既不在金钱之上，也不在金钱之下，而是在金钱之外”。
巴黎工人举行“五一”*。约翰和奥维德虽不属于任何党派，但他们受群众高昂的激情的鼓舞，也参加了工人游行的队伍。在游行时，警察和工人发生了冲突。奥维德被人群踩倒，约翰则打死了一名警察。这样一来，约翰在巴黎呆不住了，工人们掩护他出逃，并把他送到瑞士。约翰参加游行和打死警察，只是一时的冲动，并没有什么政治目的和信仰。他杀了人，“可不明白为什么杀的”，也“不懂自己怎么会参加”游行。
奥维德因伤重，过了不多久，他死了。约翰在瑞士闻讯后，要赶回巴黎为朋友复仇。但他走错了路，走到了德国边境的村庄。这里他遇见了老相识勃罗姆医生。在医生挽留下，约翰在他家担任了家庭教师的职务。这时，他对艺术作了新思考。一方面，他感到不能靠作曲来逃避现实；另一方面他不明白为谁而写作，甚至“他觉得艺术一无用处，填补不了死亡造成的空虚”。
勃罗姆的妻子阿娜出身于富商家庭，她歌唱得很好，约翰陪她到郊外野游，他用音乐“打开了她的心灵--重门深锁的密室”。他们 竟 发生了肉体关系。约翰欺侮了恩人的妻子，他苦闷得想自杀。于是，他辞别勃罗姆一家，出外旅行。但过了半个月，他又感到离不开阿娜，回来了。他和阿娜的关系，渐渐被人察觉了。阿娜开煤气自杀，约翰恰巧发现了，救了她。然后，他下决心离开了医生的家庭。
约翰在瑞士一个山村隐居起来，过着离群索居的生活。他对人生进行了紧张的探索，并感到他“没有力气”再进行战斗和反抗了。他要在走向死亡的道路上寻找活的灵魂。终于他找到了，这就是信仰上帝。于是“生命回来了，而克里斯朵夫心中的爱也醒过来了，得到上帝恩宠的灵魂简直是一桩奇迹”。他感到过去自己有两种性格：“一个是创造的艺术家，完全不问道德效果；一个是行动者，喜欢推理的，希望他的艺术有道德的与社会的作用。”现在这矛盾消除了，他认为艺术和太阳光一样，“太阳既非道德的，也非不道德的，它是生命，它战胜黑暗，艺术亦然如此”。
一个巴黎的朋友经过瑞士来约翰隐居的地方拜访，并告诉他，他的作品在欧洲各地演奏，获得极大的成功；他在德国杀人的旧案经葛拉齐亚帮忙也已撤销了，在巴黎打死警察的事也逐渐被人遗忘了。约翰屈指算算，他逃离巴黎已快十个年头了。
在一个明朗的夏季。约翰的学生葛拉齐亚带着两个孩子来瑞士疗养，她已经新寡了。约翰和她相会后，重新燃起热情，但她仍然只给他一种恬静的友谊。秋天，约翰到罗马去找她，表示要和她结合。葛拉齐亚回答说，她对婚姻已没有信心了，而且他们两人的性格很不同，难免会发生冲突的，从而拒绝了他。在意大利逗留期间，约翰接到巴黎方面的邀请，要他在几个音乐会上担任乐队的指挥。葛拉齐亚劝他接受下来。这样约翰便起程重返巴黎了。
约翰到巴黎后，给葛拉齐亚写信，告诉她巴黎没有改变，“可是我，我改变了，不敢再对他们严厉了”，并说：“你瞧，我老了，不会再咬人了，牙齿钝了。”经过十年隐居的生活，约翰的确变了。但他在巴黎受到热烈的欢迎，演出也很成功，连反对他的敌人也捧他了。他对巴黎生活也“感到兴味”，不再刺人了。
奥维德的孩子乔治已长大成人。他很爱好音乐。一天，他来找约翰伯伯，要求接纳他当学生。约翰想起和他父亲的友谊，自然是满口答应了。不久后，葛拉齐亚也带了两个孩子从意大利来到巴黎。她的十一岁的女儿叫奥洛拉很象母亲，也向约翰学音乐。这样约翰便竭尽全力去培养这对少年，并有意促使他们结合起来。不久葛拉齐亚死了，约翰悲痛欲绝。
约翰晚年，仍继续从事创作，但作品的性质已有很大的不同。如果说约翰早年作品是雷雨，晚年作品便变得恬静了，它象“夏日的白云，积雪的山峰”。
乔治和奥洛拉的婚礼是在罗马举行的。约翰亲自参加了他们的婚礼。但在他们结婚前两天，约翰得了肺炎，从教堂回来时，他晕倒了。他为了不妨碍新婚夫妇的蜜月旅行，并没有把自己的病告诉他们。在患病中，约翰对自己的一生作了回顾。他认为“我的目的达到了”，“青年时期拼命的努力……顽强奋斗，为了要跟别人争取自己生存的权利，为了要在种族的妖魔手里救出他的个性。便是胜利后，还得夙夜警惕，守护他的战利品……友谊的快乐与考验，使孤独的心和全人类有了沟通。然后是艺术的成功，生命的高峰……不料峰回路转……遇到了丧事、情欲、羞耻--上帝的先锋队，他倒下了……劈面遇到上帝……努力在主替我们指定的范围内完成主的意志。”最后，他死了。
圣者克利斯朵夫背一个小孩过河。这孩子很重，他便是“即将来到的日子”。
